В разделе видна только основная карточка товара, чтобы заказать товар (модификацию), нужно войти в эту карточку товара и там выбрать нужную модификацию (товар другого размера, цвета и т.д.).
Можно сделать следующее: установите наличие "1" для основной карточки товара и уберите характеристику "размер", а также при редактировании карточки товара снимите галочку "возможность сделать заказ со страницы" - это исключит возможность создания заказа на товар, которого фактически нет в наличии.
При этом на странице раздела будет отображаться, что товар есть в наличии, а при заходе в карточку товара можно будет выбрать другие размеры - и там уже смотреть, какой именно из них хочет заказать клиент.
